I seguenti sitemi di coltivazione possono accogliere coltivazioni di bonsai singoli o a gruppo.

Hokidachi o stile a scopa rovesciata: in questo tipo i rami delle piante assumono l’aspetto di una scopa capovolta, le radici sono robuste e armoniose, le piante migliori sono quelle realizzate con talea o margotta e sono: l’olmo, la quercia, la betulla e la zelkova a cui vengono applicati dei fili di metallo per guidarla al verso voluto.

Fukinagashi o stile spazzato dal vento: è uno stile molto caratteristico per il realismo delle sue forme. Il tronco è ricurvo e i rami segnano un’unica direzione e sono posti sul lato interno inclinato del fusto; per ottenere questo effetto si devono togliere tutti i rami che si trovano contro vento mentre quelli al posto giusto devono coprire per la maggior parte il tronco; le radici devono essere ben sviluppate. Le piante usate in questo sistema sono: i pini, i tassi, i ginepri.

Bunjingi o stile letterario: questo stile è molto elegante, il tronco è diritto senza rami fino alla cima dove pochi rami in giusta posizione formano la chioma.

Ishitsuki o stile roccioso: nella coltura dei bonsai si trova anche la pianta che si sviluppa sopra una roccia. Ci sono diverse procedure ma i sistemi più importanti sono due: il primo vede il bonsai come l’elemento che stringe la roccia tra le radici, il secondo rappresenta il contrario, è la roccia che domina la scena. Nel primo caso le radici sono sistemate a raggera intorno alla roccia, nel secondo caso le radici, essendo più piccole della roccia, crescono in piccole aperture nel terreno. Alcune radici si nutrono dal terreno e dalle cavità nella roccia, altri bonsai vengono collocati ai piedi della roccia.

Ishitsuki su roccia: per avere un bonsai con le radici che dominano la roccia e che affondano nel terreno bisogna scegliere l’albero adatto, poi dopo aver tolto il terriccio intorno alle radici, lo sistemerete sulla roccia e le radici devono ricadervi sopra con armonia, se qualcuna è troppo grossa o piccola basta tagliarla. In seguito interrate la parte finale delle radici nel terriccio del contenitore e ricopritele con terra mista d’argilla e torba che aiuterà la pianta ad attecchire. Le radici sistemate sulla roccia possono essere fermate con dei fili di ferro, di rafia o nastro, volendo si possono fare anche dei buchi alla roccia ma è un lavoro molto complicato.
Quando il filo in più per ancorare le piante viene eliminato si ricoprono le radici con torba e argilla e infine sfagno con mussolina a strisce per fermarlo. Alla fine il bonsai deve essere collocato in un contenitore e ricoprire bene le punte delle radici. Siccome la piante sarà un po’ delicata bisogna annaffiarla spesso, a causa del poco terriccio, anche 2 o 3 volte in una giornata in piccole quantità e quando il terreno sembra asciutto. Dopo 5 o 6 mesi si può levare sia lo sfagno che la mussolina perché ora le radici sono ben solide.

Ishitsuki nella roccia: se si tratta di un bonsai roccioso dove le radici stanno in aperture naturali o artificiali bisogna cercare le cavità adatte e pulirle e allargarle se serve, l’ancoraggio va fatto come i bonsai a radici aperte cioè con il filo che passa attraverso i buchi o mettendo fili di sostegno. Ora le aperture vengono bagnate, si toglie la terra dalle radici, si dispone nel fondo del contenitore un po’ di terriccio, si ancora la pianta con fili di rame o di alluminio e si ricopre con uno strato di torba e terra. Ora il bonsai necessita di molte cure come tenerlo al riposo dal vento e in penombra, deve essere sempre umido e l’acqua deve andare solo attorno alle radici. Dopo due mesi si può cominciare la fertilizzazione, questa specie di bonsai non si trapianta e non si recidono le radici.