Gli attrezzi utilizzati per sistemare i bonsai non sono diversi da quelli normalmente usati per il giardinaggio, vi sono due utensili differenti: la pinza a taglio concavo e la pinza jinning.

Il primo è molto usato in quanto questo arnese lascia una cavità che verrà colmata della nuova corteccia e non si vedranno i segni della potatura. Il secondo permette una lavorazione particolare sulla corteccia per cui è un attrezzo adatto solo agli esperti.

Vi sono anche altri oggetti usati per questa coltura:

• le forbici larghe e forti per tagliare le radici;
• le forbici piccole e forti per tagliare le branche e sottobranche;
• le forbici per potare i germogli;
• il tronchesino per tagliare i fili metallici e per eseguire legature e slegature;
• il rastrellino con spazzole utile per i rinvasi;
• le pinzette per togliere le foglie morte, corpi estranei e parti necrotizzate;
• un bastoncino a punta per pulire le radici;
• uno scopino per pulire.

Il tavolino girevole con cui sarà più facile controllare tutti i lati del bonsai e intervenire sulla parte da curare, anche un semplice supporto sarà utile.

Ogni attrezzo va sempre pulito dopo averlo usato. La disinfezione degli strumenti è consigliata per evitare che essi apportino malattie contagiose alle piante, si può usare una soluzione di solfato di rame o altro che si può acquistare in negozi specializzati. Inoltre gli attrezzi per le potature vanno affilati.